Япония занимает второе место в мире после США по уровню развития биотехнологии. И если в традиционных ее областях, в частности в производстве ферментов, антибиотиков и аминокислот, позиции Японии очень сильны, то в применении методов новейшей биотехнологии наблюдалось заметное отставание от США, осуществивших мощный рывок в данном направлении. Для преодоления этого отставания Япония сделала ставку на революционное развитие биотехнологии. Расчет делался как на революционные пути развития (практическое использование научно-технической информации и закупка лицензий и патентов на генно-инженерную технологию и штаммы микроорганизмов), так и на быструю подготовку японских специалистов путем стажировки за рубежом и расширение собственных исследований по генетической инженерии в университетах и лабораториях промышленных фирм. В отличие от США специализированных биотехнологических фирм в Японии создано очень мало и, как правило, исследованиями в этой области заняты крупные и средние фармфирмы.

В настоящее время около 5% затрат на НИОКР фармпромышленности Японии приходится на исследования в области генной инженерии и около 1,2 тыс. фирм имеют собственные программы по разработке способов получения ЛС с использованием методов новейшей биотехнологии. На осуществление 10-летней программы развития биотехнологии (1981—1990 гг.) государственные организации совместно с частными компаниями ассигновали 517,2 млн долл. США. Государственные ассигнования в 1991—2000 гг. превысили 2 млрд долл. США.

Большое значение для развития биотехнологии в Японии имеет тесное сотрудничество между государственным и частным сектором, в реализации отдельных биотехнологических программ принимает участие ряд министерств. При японских министерствах с конца 1980-х гг. стали создаваться исследовательские ассоциации, которые при участии биотехнологических и фармацевтических фирм занимаются фундаментальными разработками в области биотехнологии. Еще в 1983 г. при содействии Министерства внешней торговли и промышленности была создана Корпорация по биотехнологическим разработкам (BIDEC), объединяющая в настоящее время 175 фирм. В различных проектах по генетической инженерии принимают участие в общей сложности 129 фирм.

В последние годы в развитие новейшей биотехнологии в Японии большой вклад вносят университеты, интенсивно занимающиеся исследованиями в области генетической и клеточной инженерии. По уровню этих разработок они уже приблизились к уровню исследований, проводимых в университетах США.