ВОЗ приступила к программе по разработке МНН в 1950 г., когда государства — члены ВОЗ на Всемирной ассамблее здравоохранения приняли резолюцию WHA3.11 «Непатентованные названия лекарственных средств». В ней отмечалась назревшая необходимость в разработке системы отбора МНН для новых лекарственных средств. Эти функции возлагались на специальный экспертный комитет, а генеральному директору ВОЗ вменялось в обязанность извещать национальные фармакопейные органы о выбранных МНН, поскольку страны — члены ВОЗ обязаны их официально признавать и после включения новых МНН в национальные фармакопеи, принимать в качестве фармакопейных названий. Указывалось также, что государства должны принять меры, «препятствующие предоставлению производителям исключительных патентных прав на эти названия».

По сравнению с длинными, трудно запоминаемыми химическими названиями активных субстанций короткие и звучные патентованные названия обладают значительными преимуществами. Поэтому национальные комитеты по номенклатуре также пошли по пути разработки простых генерических названий. Например, «метамизол натрий» (МНН) в США и Великобритании получил название «дипирон», в СССР, Китае, Индии — «анальгин», во Франции — «норамидопирин», в Японии — «сульпирин». Таким образом, для многих субстанций, имевших несколько хорошо известных названий, требовалось выбрать только одно МНН. Поэтому эксперты ВОЗ с самого начала выполнения программы согласовывали свою работу с представителями национальных номенклатурных комитетов. Новым субстанциям присваивали только одно МНН. Одновременно были разработаны общие принципы, которыми следует руководствоваться при выборе МНН, а также специальная процедура ВОЗ по отбору новых МНН для фармацевтических субстанций. Координация действий оказалась эффективной и в настоящее время новые национальные непатентованные названия и МНН являются идентичными.

Конституцией ВОЗ (статья 2(u) ей вменяется в обязанность разрабатывать, устанавливать и поддерживать международные стандарты в отношении лекарственных средств. Поэтому ВОЗ считает выполнение программы по МНН такой же важной задачей, как и разработку Надлежащей производственной практики лекарственных средств и Международной Фармакопеи.